По первому вопросу согласен с Людмилой, ответчик не сторона по делу до принятия дела к производству -> не имеет право на обжалование. Отказывая в принятии за пропуском срока, рискуете попасть в безвыходную ситуацию: обратиться с ходатайством о восстановлении срока на обжалование и докажет обоснованность пропуска срока - придется рассматривать.

По второму вопросу: считаю, что есть основания не более чем для вынесения частного определения в адрес мирового судьи по причине не разрешения вопросов о судебных расходах... Тут 2 варианта: если эти судебные расходы были заявлены в рамках рассмотрения гражданского дела по существу (расходы на проезд; услуги представителя - ходатайство об этом от стороны должно быть подано в суд в письменной форме ч. 1 ст. 100 ГПК РФ) - есть основания для частника. В противном случае - оснований нет. Отменить решение Вы не сможете, поскольку его никто не обжалует.
Право обращения в суд для разрешения вопроса о судебных расходах в рамках того же дела, либо с отдельным иском, принадлежит стороне, т.е. он сам выбирает способ обращения в суд (практика). В первом случае выносится определение, во втором случае (заводится отдельное дело, собираются все доказательства) решение. Возможно, в субъектах иная практика, но мы исходим именно из вышеизложенного.

Что касаемо

никто не лишает ответчика возможности заявить мировому судье ходатайство о передаче дела по подсудности, хотя мировой судья сам должен это сделать на основании п. 3 ч. 2 ст. 33 ГПК РФ (в зависимости от ситуации, а то я малось недопонял).

Кроме того, обратите внимание на Определение Конституционного Суда РФ от 03.07.2007 №623-О-П, согласно которому:
Абзац четвертый статьи 328 по своему конституционно-правовому смыслу не препятствует суду апелляционной инстанции при рассмотрении апелляционных жалобы, представления отменить решение мирового судьи в случае рассмотрения им дела с нарушением правил подсудности и направить дело в тот суд, к подсудности которого данное дело отнесено законом, или (в случае, если данное дело подсудно самому суду) принять его к своему производству в качестве суда первой инстанции.

Честно сказать, аналогичную практику я не искал, мне достаточно было знать позиции кассации нашего субъекта. Однако читал практику Арбитража г. Москвы (АПК и ГПК в данной части по сути аналогичны). При этом суды единого подхода не имеют.

Я бы отказал в приеме, себе меньше проблем =) ...а то, с чем он не согласен - пусть в апелляционной жалобе пишет! А там уже просто разбить данные доводы - к настоящему делу не относится, в связи с чем суд оставляет без внимания.

Я с Вами согласен =) Кроме того, подача отдельных исковых заявлений - это единичные случаи. Как правило, обращаются в рамках того же дела.